Сюжет в основном повествует о четырех черепашках-ниндзя-подростках-мутантах, которые владеют ниндзюцу, и их учителе Спринте, супер мышонке из Японии, живущем в подземном трубопроводе на улице в Нью-Йорке. Чтобы защитить город, они сражались насмерть с хитрым доктором Бакстером Стокманом, злодеи из банды Пурпурного дракона и группа таинственных и хорошо обученных ниндзя.Эти четыре чрезвычайно храбрые, непобедимые и энергичные маленькие черепашки, держащие в руках ножи ниндзя, самурайские палки, нунчаки и стальные вилки, одеты в боевую форму, чтобы храбро встретить врага, объединенные, как братья, не боящиеся зла и запугивания, всегда сражающиеся с демонами и призраками.