Геймер попадет в переосмысленную вселенную, которую создал Лю Кан после того, как стал Богом Огня. После одержания победы над Шан Цунгом на временной шкале Новой Эры между персонажами-конкурентами, среди которых Китана и Милена, Скорпион и Саб-Зиро, был установлен мир. Лю Кан не смог полностью искоренить зло, несмотря на попытки, – Шан Цунг вернулся. В игре можно выбрать Кунг Лао, Джонни Кейджа, Рейдена и других легендарных бойцов, которые выглядят и действуют по-новому.