Вроде бы льняной протеин получают уже из обезжиренных семян льна. Думаю что это уже более мелкая субстанция для растворения в воде. т.е. будет отличаться способ применения. И доля протеина выше чем в просто обезжиренном льне. Выбирают, видимо, из-за цели применения, тот или другой. Для восстановления мышц - протеин, а обезжиренный лен, с учетом минералов и витаминов - в целом для организма.