Чаще всего мускатный орех применяется в приготовлении сладких блюд — десертов, выпечки, коктейлей и алкогольных напитков. Эта душистая приправа незаменима для ароматизации творожной массы, пудингов, тортов, печенья, пирожных, кексов, кренделей, булочек и конфет. Очень вкусными получаются домашние варенья, джемы, повидло и компоты с добавлением мускатного ореха, что придает классическим домашним сладостям оригинальный вкус и тонкий аромат. Существуют мясные, рыбные, грибные и овощные рецепты блюд с мускатным орехом, а в восточной кухне эту специю нередко добавляют в супы, салаты, рис и соусы. Мускатный орех используется и в пищевой промышленности для приготовления колбасных изделий, копченой или маринованной рыбы, томатной пасты, кетчупа, сыра, горчицы, для ароматизации какао и шоколада.