Рекомендуется для профилактики и лечения желчнокаменной и мочекаменной болезни, в качестве мочегонного средства, для лечения заболеваний мочевыводящих и желчных путей, циститов, нефритов, уретритов, недержания мочи, хронических инфекциях мочевого пузыря; для заболеваний печени, селезёнки и органов желудочно-кишечного тракта: холецистита, гепатита, катара желудка, энтерита, гастрита, колита; при заболеваниях легких, бронхов и различных воспалениях верхних дыхательных путей, сопровождающихся обильным выделением мокроты, применяют для лечения кашля при простуде и гриппе, хроническом бронхите, пневмонии, трахеите. Повышает иммунитет, улучшает обмен веществ, способствует быстрому восстановлению сил после больших нагрузок и перенесенных заболеваний, применяется при рахите и синдроме хронической усталости. 

Применяется пырей как противовоспалительное, общеукрепляющее и заживляющее средство, для профилактики и лечения заболеваний кожи (фурункулёза, трофических и гнойных язв, экземы, дерматитов различного происхождения, экссудативного диатеза, юношеских угрей), обладает обволакивающими и легкими слабительными свойствами, отхаркивающим действием. Отвары корней пырея рекомендуются при желудочно-кишечных заболеваниях, запорах, гепатите и при желчнокаменной болезни. Отвары оказывают действенную помощь при простуде, кашле, как средство для полоскания полости рта при стоматите и пародонтозе:
Отвар: 1 ст. ложку измельченных корней залейте 1 стаканом кипятка, кипятите 2 мин, настаивайте 1 ч и процедите. Принимайте по 1/2 стакана 3 раза в день до еды.

Корневища пырея используют при лечении заболеваний предстательной железы, а также полиартрита и ревматизма конечностей:
Отвар: 40 г корневищ залейте 0,5 л воды, варите в течейие 10 мин на слабом огне, затем настаивайте 30 мин. Пейте по 1 стакану 2 раза в день на протяжении 1 месяца с одновременным приемом ванн в таком же отваре при температуре 38-40 °С 1-2 раза в неделю (на курс 6-8 ванн).

Отвар пырея также используют для промывания гнойных ран и фурункулов.

Отхаркивающее, потогонное, мочегонное и слабительное средство:
Настой: 2 ст. ложки корней пырея залейте 0,5 л кипятка и настаивайте в термосе. Выпейте теплый настой в 3 приема за 30 мин до еды.

При остеохондрозе полезен отвар, приготовленный следующим образом:
Отвар: 30 г корней пырея залейте 1 л воды, кипятите до тех пор, пока не останется половина объема жидкости. Принимайте по 100 мл 3 раза в день.

Пырей используют как мочегонное средство при почечнокаменной болезни и заболеваниях сердца, а также при лечении желтухи, холецистита, цистита и сахарного диабета:
Отвар: 100 г корней залейте 1 л кипятка, кипятите до тех пор, пока не останется половина объема жидкости. Принимайте по 15-30 мл 4-5 раз в день.

При кожных заболеваниях готовят следующее средство:
Настой: 2 ч. ложки сухих корней пырея залейте 1 стаканом холодной кипяченой воды, настаивайте 12 ч. Остаток корней снова залейте 1 стаканом кипятка и настаивайте 1 ч. Оба настоя смешайте. Принимайте по 1/2 стакана 3 раза в день.

Противопоказания: Беременность, период лактации, индивидуальная непереносимость.