Шалфей лекарственный обладает противовоспалительным, дезинфицирующим, вяжущим, кровоостанавливающим, мочегонным, мягчительным, отхаркивающим, кровоостанавливающим свойствами, также стимулирует выделение желудочного сока, уменьшает потоотделение, тормозит лактацию, укрепляет нервную систему, улучшает память. 

Внутрь препараты шалфея показаны при лечении гастритов, язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки с пониженной секреторной активностью, при лечении спастического состояния желудка и кишечника, при воспалениях печени и желчного пузыря, воспалениях мочевого пузыря, диарее различного происхождения. При туберкулёзе шалфей используют для уменьшения потоотделения. В составе с другими лекарственными растениями шалфей применяют для лечения лёгкой формы сахарного диабета.

Препараты шалфея широко применяются как внешнее средство - полоскания при лечении стоматитов, воспалительных заболеваний горла, кровоточивости дёсен, ангине; обмывания делают при воспалительных заболеваниях кожи, гнойных ранах и язвах, при лечении лёгких ожогов, обморожений, делают клизмы при геморрое, моют голову при выпадении волос.