Здравствуйте, уплотнитель подойдет. Но вам скорее всего нужен F-образный, что бы прикрыть щель между подвижной и неподвижной частью, сложно посоветовать не видя полную картину.
Да ,можно вниз поставить уплотнитель . Но только соответствующий толщине стекла . И этот не подойдёт, он предназначен для стекла ,которые вставляется в паз.